Оценка литической активности бактериофагов в отношении Klebsiella pneumoniae, выделенных у детей с пневмококковым носительством
УДК 616.24-002
Л.Т. БАЯЗИТОВА1, 2, О.Ф. ТЮПКИНА1, Т.А. ЧАЗОВА1, М.С. РОДИОНОВА1, Р.И. АНАМОВ2, О.И. ПОПЦОВ2, И.Р. ВАЛИУЛЛИНА3, З.З. НАСЫБУЛЛОВА3
1Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора, г. Казань
2Казанский государственный медицинский университет МЗ РФ, г. Казань
3Республиканская клиническая больница МЗ РФ, г. Казань
Контактная информация:
Баязитова Лира Табрисовна — к.м.н., ведущий научный сотрудник, заведующая научно-исследовательской лабораторией микробиологии, доцент кафедры микробиологии им. акад. В.М. Аристовского
Адрес: 420015, г. Казань, ул. Большая Красная, 67, тел.: +7 (843) 236-67-91, e-mail: bajalt@mail.ru
Streptococcus pneumoniaе и Klebsiella pneumoniae — условно-патогенные микроорганизмы, комменсалы; но в то же время они могут стать причиной опасных для жизни инфекций. Данные бактерии имеют пластичный геном и могут уклоняться от иммунного ответа макроорганизма. Особую озабоченность вызывают антибиотикоустойчивые штаммы. Использование бактериофагов рассматривается в качестве альтернативы или дополнения к противомикробной терапии. Изучена чувствительностьк антимикробным препаратамм и к бактериофагам 70 штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных от пациентов-носителей Streptococcus pneumoniae, обратившихся с целью диагностических исследований в консультативно-диагностическую поликлинику ФБУН КНИИЭМ Роспотребнадзора. По результатам фаголизабельности изолятов K. pneumoniae с различным профилем чувствительности к антимикробным препаратам фаговые препараты ранжированы в следующей последовательности (по мере снижения активности): бактериофаг клебсиелл поливалентный очищенный > пиобактериофаг комплексный > секстафаг.
Ключевые слова: носительство, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, антибиотикорезистентность, бактериофаги.
L.T. BAYAZITOVA1, 2, O.F. TYUPKINA1, T.A. CHAZOVA1, M.S. RODIONIOVA1, R.I. ANAMOV2, O.I. POPTSOV2, I.R. VALIULLINA3, Z.Z. NASYBULLOVA3
1Kazan Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor, Kazan
2Kazan State Medical University, Kazan
3Republic Clinical Hospital, Kazan
Evaluating lytic activity of bacteriophages against Klebsiella pneumoniae isolated from children with pneumococcal carriage
Contact details:
Bayazitova L.T. — PhD (medicine), leading researcher, Head of Microbiology Research Laboratory, Associate Professor of Microbiology Department named after Academician V.M. Aristovskiy
Address: 67 Bolshaya Krasnaya St., Kazan, Russian Federation, 420015, tel.: +7 (843) 236-67-91, e-mail: bajalt@mail.ru
Streptococcus pneumoniae and Klebsiella pneumoniae are opportunistic pathogens, commensals; at the same time, they can cause life-threatening infections. These bacteria have a plastic genome and can evade the host’s immune response. Antibiotic-resistant strains are of particular concern. The use of bacteriophages is considered as an alternative or adjunct to antimicrobial therapy. Sensitivity to antimicrobial drugs and to bacteriophages of 70 strains of Klebsiella pneumonia was studied, which were isolated from Streptococcus pneumoniae carriers who applied for diagnostic research in consultation and diagnostic polyclinic of Kazan Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor. Based on the results of phagolysability of K. pneumoniae isolates with different sensitivity profiles to antimicrobial drugs, phage preparations were ranked in the following sequence (as activity decreases): Klebsiella bacteriophage polyvalent purified > Pyobacteriophage complex > sextaphage.
Key words: carriage, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, antibiotic resistance, bacteriophages.
Пневмококковая инфекция (ПИ) является нередкой причиной заболеваний, а их диагностика и лечение остаются одной из актуальных проблем здравоохранения в мире и в Российской Федерации. Streptococcus pneumoniae остается значимым респираторным патогеном, вызывая различные клинические проявления. Формирование различных исходов ПИ является многофакторным процессом и зависит от микроорганизма (вирулентности возбудителя, его серотипа), факторов со стороны макроорганизма (возраста, состояния иммунной системы). Пневмококки — наиболее частые возбудители внебольничных пневмоний, особенно в период подъема заболеваемости ОРВИ, гриппа [1]. Пневмококки колонизируют носоглотку бактерионосителей; носительство проходит бессимптомно, но при развитии пневмококковой инфекции в качестве возбудителя выступает предшествующий носоглоточный штамм [2].
Одной из причин развития ко-инфекции в нижних дыхательных путях является характер межмикробных взаимодействий с респираторными бактериальными и вирусными патогенами. Слизистую оболочку носоглотки могут колонизировать клебсиеллы — условно-патогенные микроорганизмы. Фактически, эти бактерии традиционно считаются комменсалами. Но в то же время клебсиеллы могут распространяться и на другие ткани и провоцировать возникновение опасных для жизни инфекций, включая пневмонию, инфекции мочевыводящих путей, бактериемию [3].
Рисунок 1. Факторы вирулентности Klebsiella pneumoniae
Figure 1. Klebsiella pneumoniae virulence factor
Клебсиеллы занимают третье место в причинах возникновения внутрибольничной пневмонии, возникающей через 48 ч после госпитализации [4]. Ведущей причиной вентилятор-ассоциированной пневмонии среди пациентов в отделениях интенсивной терапии также выступает Klebsiella pneumoniae. Для запуска инфекционного процесса K. pneumoniae должна сначала преодолеть физический и слизистый барьеры защиты и уклониться от клеточного и гуморального иммунного ответа хозяина. После нарушения целостности эпителия дальнейшее развитие инфекционного процесса зависит от состояния иммунной системы. В настоящее время развитие тяжелых форм клебсиеллезной инфекции определяется наличием ряда факторов патогенности возбудителя: пили 1 и 3 типа, капсульный полисахарид, основной компонент внешней мембраны — липополисахарид, внешние мембранные белки, обеспечивающие адгезию, а также сидерофоры и токсины систем секреции II и VI типа (рис. 1) [5].
Исследователи отмечают высокую распространенность Klebsiella spp. (объединенное ОШ 2,04; 95% ДИ 1,17–3,55) из биопроб верхних дыхательных путей, по сравнению с контрольной группой. Установлена положительная связь между обнаружением Streptococcus pneumoniae в биопробах верхних дыхательных путей и формированием инфекций нижних дыхательных путей (ИНДП), по сравнению с контрольной группой (объединенное ОШ 1,41; 95% ДИ 1,04–1,90). Колонизация высокой плотности S. pneumoniae (> 6,9 log 10 копий/мл) была связана с повышенным риском ИНДП [6]. У этиологически значимых изолятов K. pneumoniae были идентифицированы определенные гены, опероны и остров высокой патогенности, кодирующий иерсиниабактин, которые связаны с вирулентностью [7, 8]. Это свидетельствует о том, что прогрессирование заболевания зависит не только от иммунокомпетентности хозяина, но и от генов, которыми обладают бактерии [9].
Доказано, что бактериальная капсула выполняет важную роль в защите от фагоцитоза. Помимо этого, у гипервирулентных штаммов Klebsiella pneumoniae присутствует гиперслизистый фенотип, обусловленный наличием мутированной rmpA, которая увеличивает экспрессию капсульного полисахарида [10]. Было показано, что штаммы, содержащие rmpA, вызывали пиогенный абсцесс печени. С помощью липополисахарида, содержащегося во внешней мембране, обеспечивается уклонение бактерии от иммунного надзора макроорганизма. В то же время способность связывать ионы Fe2+ и снижать их содержание в тканях осуществляет сидерофорная система, благодаря наличию хелаторов железа: энтеробактина (энтерохелин), сальмохелина, аэробактина и иерсиниобактина. Энтеробактин присутствует как в классических, так и в высоковирулентных штаммах, энтерохелин обладает самым высоким сродством к железу и считается основной системой абсорбции железа. В отличие от энтеробактина, аэробактин и иерсиниобактин более распространены в hvKp, чем в cKp. Сальмохелин связан с инвазивными заболеваниями и часто встречается у высоковирулентных штаммов K. pneumoniae, вызывающих тяжелые внебольничные инфекции, такие как эндофтальмит и менингит. Гипервирулентные штаммы способны продуцировать более крупные и активные молекулы, поглощающие железо, по сравнению с невирулентными штаммами, что может приводить к росту их вирулентности и патогенности. У некоторых штаммов Klebsiella pneumoniae отсутствует энтеробактин, что в свою очередь влечет к снижению образования капсульного полисахарида и блокированию активации канонического пути транскрипционного фактора NFκB и приводит к слабовыраженному воспалительному ответу в ранний период инфекционного процесса при клебсиеллезной пневмонии. В настоящее время известны гены, контролирующие синтез факторов вирулентности Klebsiell apneumoniae. Гены papC, papH, sfaG, sfaA, eaeA, fimA отвечают за адгезию, irp2 — за тканевую инвазию, а cnf1, ehx, hly, stx2 — за токсинообразование. Таким образом, благодаря выше перечисленным факторам Klebsiella pneumoniae способна продуцировать эндо- и экзотоксины и подавлять иммунный ответ в организме хозяина [11]. Klebsiella pneumoniae имеет множественный генетический полиморфизм, включающий в себя дополнительные геномы плазмид и локусы хромосомных генов. Штаммы K. pneumoniae делятся на три типа: условно-патогенные, гипервирулентные и с множественной лекарственной устойчивостью. Некоторые штаммы K. pneumoniae действуют как микроорганизмы-оппортунисты, заражая пациентов в критическом состоянии и пациентов с ослабленным иммунитетом. Такие штаммы служат частой причиной инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП). Некоторые штаммы K. pneumoniae являются гипервирулентными, вызывают тяжелые инфекции, включая пиогенный абсцесс печени, эндофтальмит и менингит [12]. Третья группа K. pneumoniae приобрела резистентность к карбапенемам благодаря способности продуцировать ген bla KPC и тем самым стала устойчива к бета-лактамным антибиотикам. Эти штаммы чрезвычайно трудно поддаются антимикробной терапии. Все эти категории клебсиелл являются родственными видами и способны с помощью разнообразия продуцирующих генов осуществлять бессимптомное течение инфекции в организме человека либо прогрессировать, тем самым вызывая заболевание. Между тем появление и распространение штаммов с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) является актуальной проблемой. Особенность МЛУ обусловлена способностью продуцировать гены устойчивости к антибиотикам [13]. Благодаря неправильному приему АМП и генетической рекомбинации K. pneumoniae продолжает накапливать резистентность к антибиотикам, что приводит к появлению штаммов с чрезвычайной лекарственной устойчивостью. Поскольку с инфекциями, вызываемые K. pneumoniae, становится все труднее бороться из-за устойчивости к антибиотикам и наличия гипервирулентных штаммов, жизненно важное значение имеет более глубокое понимание эпидемиологии и патогенеза этих бактерий. [14]. Для элиминации грамотрицательных микроорганизмов традиционно используют карбапенемы в качестве препаратов широкого спектра. К сожалению, в настоящее время часто высеваются K. pneumoniae, устойчивые к карбапенемам: встречаемость таких изолятов возбудителя в различных странах варьирует от 29,5 до 66,3% [15–17]. Продукция карбапенемаз приводит к формированию устойчивости к бета-лактамным антибиотикам: пенициллинам, цефалоспоринам и карбапенемам. Исследователи отмечают широкое распространение полирезистентных и экстремально- и панрезистентных штаммов [18]. Неудачно подобранные антимикробные препараты для стартовой терапии в сочетании с частой колонизацией зева и кишечника полирезистентными K. pneumoniae, большим количеством инвазивных процедур, искусственная вентиляция легких у пациентов часто приводят к увеличению сроков госпитализации. Полирезистентные изоляты К. pneumoniae относятся к бактериям первого критического уровня в списке Всемирной организации здравоохранения приоритетных антибиотикорезистентных микроорганизмов, нуждающихся в новых исследованиях и разработке антибиотиков. Таким образом, необходимы альтернативные стратегии борьбы с инфекциями клебсиеллезной этиологии. Использование бактериофагов рассматривается в качестве альтернативы или дополнения к противомикробной терапии.
Цель исследования — литическая активность бактериофагов в отношении назофарингеальных изолятов Klebsiella pneumoniaeс различным профилем чувствительности к антимикробным препаратам, выделенных от детей с пневмококковым носительством.
Для оценки чувствительности к бактериофагам и антибиотикам в исследование было включено носоглоточных 70 штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных от пациентов-носителей Streptococcus pneumoniae, обратившихся с целью диагностических исследований в консультативно-диагностическую поликлинику ФБУН КНИИЭМ Роспотребнадзора. Все обследованные заполнили согласие на проведение микробиологического исследования и обработку персональных данных. Идентификация микроорганизмов проведена на основании нормативных документов [19, 20], подтверждена масс-спектрометрическим методом.
Определение чувствительности к антибиотикам и интерпретация результатов проводилась согласно Клиническим рекомендациям «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам (версия 2021)», EUCAST (2023). Для оценки чувствительности к антибиотикам у Klebsiella pneumoniae были использованы антибактериальные диски: ампициллин (АМП), амоксициллин (АМК), цефокситин (ЦФН), цефиксим (ЦФС), цефтазидим (CAZ), цефепим (FEP), норфлоксацин (NOR), левофлоксацин (LEV), гентамицин (CN), амикацин (AK) тетрациклин (ТЕТ) и меропенем (MEM). Синтез карбапенемазы фенотипически выявляли у клинических изолятов, устойчивых или умеренно устойчивых к антибиотикам группы карбапенемов. Для выявления продукции карбапенемазы у Klebsiella pneumoniae использовали метод инактивации карбапенемов (Carbapenem Inactivation Method — CIM) — тест для выявления продукции карбапенемаз у грамотрицательных бактерий, основанный на выявлении ферментативного гидролиза при инкубации карбапенема с суспензией исследуемой бактериальной культуры.
Определение чувствительности к бактериофагам осуществлялось капельным методом (спот-тест) на среде Мюллера — Хинтон. В исследование включены препараты бактериофагов производства НПО «Микроген»: Секстафаг® пиобактериофаг поливалентный (серии П220), Интести®-бактериофаг (серии П24), бактериофаг клебсиелл поливалентный очищенный (серии У50), пиобактериофаг комплексный (серии У59).
Оценка литической активности фага проводилась по пятибалльной шкале (по количеству «крестов»). Чувствительными считались штаммы с прозрачной зоной лизиса без колоний вторичного роста и с зоной лизиса с единичными колониями вторичного роста.
Результаты
В зависимости от результатов оценки профиля чувствительности к антибиотикам Klebsiella pneumoniae были поделены на две группы: в 1 группу включены изоляты, либо чувствительные к использованным антибиотикам, либо резистентные только к одному-двум группам АМП (n = 38); в 2 группу включены изоляты, резистентные к трем и более группам АМП — полирезистентные изоляты (n = 32). Также среди полирезистентных Klebsiella pneumoniae были обнаружены штаммы, продуцирующие карбапенемазы (n = 7). Результаты оценки антибиотикочувствительности изолятов первой группы: наибольшую антиклебсиеллезную активность показали карбапенемы — 100%; к аминогликозидам были чувствительны 84,21%, к фторхинолонам — 73,68%, к цефалоспоринам II–IV поколения — 71,05%, к ингибиторзащищенным пенициллинам — 52,53% бактерий. Изучение уровня чувствительности антимикробных препаратов в отношении штаммов второй группы (полирезистентных K. pneumoniae) показало, что доля чувствительных к АМП штаммов существенно ниже. Так, к карбапенемам были чувствительны 78,12% изолятов; доля чувствительных к аминогликозидам штаммов составила 65,62%, к фторхинолонам были чувствительны 56,25%, к цефалоспоринам II–IV поколения — 46,87% и ингибиторзащищенным пенициллинам — 43,75% соответственно (рис. 2).
Рисунок 2. Профиль чувствительности K. pneumoniae к антимикробным препаратам
Figure 2. K. pneumoniae sensitivity profile to antimicrobial agents
Полученные данные об уровне антибиотикорезистентности мультирезистентных K. pneumoniae согласуются с данными российских и зарубежных исследователей [15–17].
В соответствии с поставленной целью была изучена литическая активность поливалентных бактериофагов в отношении K. pneumoniae c различным профилем чувствительности к антимикробным препаратам. Так, наибольшую литическую активность показал бактериофаг клебсиелл поливалентный очищенный: данный препарат лизировал 42,8% карбапенемазопродуцирующих клебсиелл; 34,37% полирезистентных изолятов и 28,12% штаммов K. pneumoniae из первой группы.
Пиобактериофаг комплексный был эффективен в отношении 28,57% карбапенемазопродуцирующих клебсиелл; лизировал 31,25% полирезистентных изолятов и 21,05% штаммов из первой группы. Меньшую антиклебсиелллезную активность проявил секстафаг: доля чувствительных к данному фагу карбапенемазопродуцирующих клебсиелл составила 14,28%; мультирезистентных изолятов — 15,62% и бактерий с некритическим профилем устойчивости к АМП — 18,42%.
Выводы
Бактериофаги обладают способностью лизировать бактериальные штаммы и, следовательно, представляют естественную альтернативу антибиотикам. Исследователями было показано, что бактериофаги безопасны при проведении испытаний на моделях млекопитающих, страдающих сепсисом, и не связаны с чрезмерной продукцией цитокинов [21]. У людей введение бактериофагов не сопровождалось побочными проявлениями. Известно, что физиологические уровни ФНО-альфа и ИЛ-6 значительно повышены у пациентов с сепсисом, по сравнению со здоровыми людьми. Однако при применении в терапии бактериофаги могут нормализовать уровни цитокинов ФНО-альфа и ИЛ-6 независимо от первоначального ответа [21]. После внедрения в лечебную практику противомикробных препаратов, таких как пенициллин, терапевтическое использование фагов было в значительной степени приостановлено. Тем не менее бактериофаги оставались полезными для научных исследований как инструменты для улучшения понимания молекулярной биологии, горизонтального переноса генов и эволюции бактерий, а также как диагностические инструменты. Однако в последнее время, учитывая рост числа инфекций с множественной лекарственной устойчивостью, вызванных такими бактериями, как K. pneumoniae, использование фагов вновь вышло на передний план в качестве потенциальной альтернативы современным антимикробным химиотерапевтическим препаратам [21]. Schubert B.D. с соавт. выделили два литических бактериофага, обладающих антибактериальной активностью в отношении K. pneumoniae, один из которых представлял собой новый гигантский бактериофаг. Исследователи использовали клеточные линии моноцитов THP-1 с различными функциональными фенотипами киназы 3, связанной с рецептором интерлейкина-1 (IRAK3 — цитоплазматический гомеостатический медиатор и прогностический маркер воспаления), чтобы оценить роль бактериофагов K. pneumoniae в модуляции иммунной системы в ответе in vitro. Они впервые показали, что бактериофаги не стимулируют избыточное производство фактора некроза опухоли альфа или интерлейкина-6 в клеточных линиях моноцитов THP-1, которые демонстрируют различные уровни экспрессии IRAK3. По результатам проведенного нами исследования фаголизабельности K. pneumoniae с различным профилем чувствительности к АМП фаговые препараты ранжированы в следующей последовательности (по мере снижения активности): бактериофаг клебсиелл поливалентный очищенный > пиобактериофаг комплексный > секстафаг. Выбор соответствующего фагового препарата должен основываться на результатах предварительного тестирования чувствительности выделенного изолята к бактериофагу in vitro.
Баязитова Л.Т.
0000-0002-2142-7682
Тюпкина О.Ф.
0000-0001-8180-1165
Чазова Т.А.
0000-0002-2013-4239
Родионова М.С.
0000-0003-3788-2222
Анамов Р.И.
0009-0008-3077-4820
Попцов О.И.
0009-0008-3903-9523
Валиуллина И.Р.
0000-0001-8532-8432
Насыбуллова З.Н.
0009-0004-7308-0344
Литература
- Simell B., Auranen K., Käyhty H., Goldblatt D., Dagan R., O’Brien K.L. The fundamental link between pneumococcal carriage and disease // Expert Rev Vaccines. — 2012. — Vol. 11 (7). — P. 841–855.
- Pilishvili T., Lexau C., Farley M.M., Hadler J. et al. Sustained reductions in invasive pneumococcal disease in the era of conjugate vaccine // J Infect Dis. — 2010. — Vol. 201. — P. 32–34. DOI: 10.1086/648593
- Martin R.M., Bachman M.A. Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumonia // Microb. Pathog. — 2018. — Vol. 22 (8). — P. 4. DOI: 10.3389/fcimb.2018.00004
- Yang F., Deng B., Liao W., Wang P., Chen P., Wei J. High rate of multiresistant Klebsiella pneumoniae from human and animal origin // Infect Drug Resist. — 2019. — Vol. 12. — P. 2729–2737. DOI: 10.2147/IDR.S219155
- Paczosa M.K., Mecsas J. Klebsiella pneumoniae: Going on the Offense with a Strong Defense // MMBR. — 2016. — Vol. 80 (3). — P. 629–661. DOI: 10.1128/MMBR.00078-15
- Shantelle Claassen-Weitz, Katherine Y. L. Lim, Christopher Mullally , Heather J. Zar , Mark P Nicol. The association between bacteria colonizing the upper respiratory tract and lower respiratory tract infection in young children: a systematic review and meta-analysis // Clin Microbiol Infect. — 2021. — Vol. 27 (9). —P. 1262–1270. DOI: 10.1016/j.cmi.2021.05.034
- Yang X., Dong N., Chan E.W., Zhang R., Chen S. Carbapenem Resistance-Encoding and Virulence-Encoding Conjugative Plasmids in Klebsiella pneumonia // Trends Microbiol. — 2021. — Vol. 29 (1). — P. 65–83. DOI: 10.1016/j.tim.2020.04.012
- Farhadi M., Ahanjan M., Goli H.R., Haghshenas M. R., Gholami M. High frequency of multidrug-resistant (MDR) Klebsiella pneumoniae harboring several β-lactamase and integron genes collected from several hospitals in the north of Iran // Ann Clin Microbiol Antimicrob. — 2021. — Vol. 20 (1). — P. 70. DOI: 10.1186/s12941-021-00476-1
- Rebekah M. Martin, Michael A. Bachman. Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumoniae // Front. Cell. Infect. Microbiol. — 2018. — Vol. 8. DOI: 10.3389/fcimb.2018.00004
- Lery L.M, Tomas A., Passet V., Almeida A.S, Bialek-Davenet S., Barbe V., Bengoechea J.A, Sansonetti P., Brisse S., Tournebize R. Comparative analysis of Klebsiella pneumoniae genomes identifies a phospholipase D family protein as a novel virulence factor // BMC Biol. — 2014. — Vol. 12. — P. 41. DOI: 10.1186/1741-7007-12-41
- Bengoechea J.A, Pessoa J.S. Klebsiella pneumoniae infection biology: living to counteract host defences // FEMS Microbiol. Rev. — 2019. — Vol. 43 (2). — P. 123–144. DOI: 10.1093/femsre/fuy043
- Choby J.E., Howard-Anderson J., Weiss D.S. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae — clinical and molecular perspectives // J Intern Med. — 2020. — Vol. 287 (3). — P. 283–300. DOI: 10.1111/joim.13007
- Candan E.D., Aksoz N. Klebsiella pneumoniae: characteristics of carbapenem resistance and virulence factors // Acta Biochim. Pol. — 2015. — Vol. 62 (4). — P. 867–874. DOI: 10.18388/abp.2015_1148
- Guoying W., Guo Z., Xiaoyu C., Longxiang X., Hongju W. The Characteristic of Virulence, Biofilm and Antibiotic Resistance of Klebsiella pneumonia // IJERPH. — 2020. — 28. — Vol. 17 (17). — P. 6278. DOI: 10.3390/ijerph17176278
- Nakamura-Silva R., Cerdeira L., Oliveira-Silva M., da Costa K.R.C, Sano E., Fuga B., Moura Q., Esposito F., Lincopan N., Wyres K., Pitondo-Silva A. Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae: a retrospective study in Manaus, Brazil // Arch Microbiol. — 2022. — Vol. 204 (4). — P. 202. DOI: 10.1007/s00203-022-02813-0
- Kuzmenkov A.Y., Trushin I.V, Vinogradova A.G., Avramenko A.A., Sukhorukova M.V., Malhotra-Kumar S., Dekhnich A.V., Edelstein M.V., Kozlov R.S. AMRmap: an interactive web platform for analysis of antimicrobial resistance surveillance data in Russia // Front Microbiol. — 2021. — Vol. 12. — P. 620002. DOI: 10.3389/fmicb.2021.620002
- Gudiol C., Albasanz-Puig A., Cuervo G., Carratalà J. Understanding and managing sepsis in patients with cancer in the era of antimicrobial resistance // Front Med (Lausanne). — 2021. — Vol. 8. — P. 636547. DOI: 10.3389/fmed.2021.636547
- Meng H., Han L., Niu M., Xu L., Xu M., An Q., Lu J. Risk factors for mortality and outcomes in hematological malignancy patients with carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae bloodstream infections // Infect Drug Resist. — 2022. — Vol. 15. — P. 4241–4251. DOI: 10.2147/IDR.S374904
- Методические указания МУК 4.2.3115-13. Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний (утв. и введены в действие Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 21.10.2013). — URL: https://base.garant.ru/70608740
- Методические рекомендации МР 4.2.0114-16. Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии (утв. и введены в действие Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 20.10.2016). — URL: https://docs.cntd.ru/document/456092897
- Schubert B.D., Ku H., Kabwe M., Nguyen T.H., Irving H., Tucci J. Effects of Klebsiella pneumoniae Bacteriophages on IRAK3 Knockdown/Knockout THP–1 Monocyte Cell Lines // Viruses. — 2022. — Vol. 14 (11). — P. 25–82. DOI: 10.3390/v14112582
REFERENCES
- Simell B., Auranen K., Käyhty H., Goldblatt D., Dagan R., O’Brien K.L. The fundamental link between pneumococcal carriage and disease. Expert Rev Vaccines, 2012, vol. 11 (7), pp. 841–855.
- Pilishvili T., Lexau C., Farley M.M., Hadler J. et al. Sustained reductions in invasive pneumococcal disease in the era of conjugate vaccine. J Infect Dis, 2010, vol. 201, pp. 32–34. DOI: 10.1086/648593
- Martin R.M., Bachman M.A. Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumonia. Microb. Pathog, 2018, vol. 22 (8), p. 4. DOI: 10.3389/fcimb.2018.00004
- Yang F., Deng B., Liao W., Wang P., Chen P., Wei J. High rate of multiresistant Klebsiella pneumoniae from human and animal origin. Infect Drug Resist, 2019, vol. 12, pp. 2729–2737. DOI: 10.2147/IDR.S219155
- Paczosa M.K., Mecsas J. Klebsiella pneumoniae: Going on the Offense with a Strong Defense. MMBR, 2016, vol. 80 (3), pp. 629–661. DOI: 10.1128/MMBR.00078-15
- Shantelle Claassen-Weitz, Katherine Y. L. Lim, Christopher Mullally, Heather J. Zar, Mark P Nicol. The association between bacteria colonizing the upper respiratory tract and lower respiratory tract infection in young children: a systematic review and meta-analysis. Clin Microbiol Infect, 2021, vol. 27 (9), pp. 1262–1270. DOI: 10.1016/j.cmi.2021.05.034
- Yang X., Dong N., Chan E.W., Zhang R., Chen S. Carbapenem Resistance-Encoding and Virulence-Encoding Conjugative Plasmids in Klebsiella pneumonia. Trends Microbiol, 2021, vol. 29 (1), pp. 65–83. DOI: 10.1016/j.tim.2020.04.012
- Farhadi M., Ahanjan M., Goli H.R., Haghshenas M. R., Gholami M. High frequency of multidrug-resistant (MDR) Klebsiella pneumoniae harboring several β-lactamase and integron genes collected from several hospitals in the north of Iran. Ann Clin Microbiol Antimicrob, 2021, vol. 20 (1), p. 70. DOI: 10.1186/s12941-021-00476-1
- Rebekah M. Martin, Michael A. Bachman. Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumoniae. Front. Cell. Infect. Microbiol, 2018, vol. 8. DOI: 10.3389/fcimb.2018.00004
- Lery L.M, Tomas A., Passet V., Almeida A.S, Bialek-Davenet S., Barbe V., Bengoechea J.A, Sansonetti P., Brisse S., Tournebize R. Comparative analysis of Klebsiella pneumoniae genomes identifies a phospholipase D family protein as a novel virulence factor. BMC Biol, 2014, vol. 12, p. 41. DOI: 10.1186/1741-7007-12-41
- Bengoechea J.A, Pessoa J.S. Klebsiella pneumoniae infection biology: living to counteract host defences. FEMS Microbiol. Rev, 2019, vol. 43 (2), pp. 123–144. DOI: 10.1093/femsre/fuy043
- Choby J.E., Howard-Anderson J., Weiss D.S. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae — clinical and molecular perspectives. J Intern Med, 2020, vol. 287 (3), pp. 283–300. DOI: 10.1111/joim.13007
- Candan E.D., Aksoz N. Klebsiella pneumoniae: characteristics of carbapenem resistance and virulence factors. Acta Biochim. Pol, 2015, vol. 62 (4), pp. 867–874. DOI: 10.18388/abp.2015_1148
- Guoying W., Guo Z., Xiaoyu C., Longxiang X., Hongju W. The Characteristic of Virulence, Biofilm and Antibiotic Resistance of Klebsiella pneumonia. IJERPH, 2020, 28, vol. 17 (17), p. 6278. DOI: 10.3390/ijerph17176278
- Nakamura-Silva R., Cerdeira L., Oliveira-Silva M., da Costa K.R.C, Sano E., Fuga B., Moura Q., Esposito F., Lincopan N., Wyres K., Pitondo-Silva A. Multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae: a retrospective study in Manaus, Brazil. Arch Microbiol, 2022, vol. 204 (4), p. 202. DOI: 10.1007/s00203-022-02813-0
- Kuzmenkov A.Y., Trushin I.V, Vinogradova A.G., Avramenko A.A., Sukhorukova M.V., Malhotra-Kumar S., Dekhnich A.V., Edelstein M.V., Kozlov R.S. AMRmap: an interactive web platform for analysis of antimicrobial resistance surveillance data in Russia. Front Microbiol, 2021, vol. 12, p. 620002. DOI: 10.3389/fmicb.2021.620002
- Gudiol C., Albasanz-Puig A., Cuervo G., Carratalà J. Understanding and managing sepsis in patients with cancer in the era of antimicrobial resistance. Front Med (Lausanne), 2021, vol. 8, p. 636547. DOI: 10.3389/fmed.2021.636547
- Meng H., Han L., Niu M., Xu L., Xu M., An Q., Lu J. Risk factors for mortality and outcomes in hematological malignancy patients with carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae bloodstream infections. Infect Drug Resist, 2022, vol. 15, pp. 4241–4251. DOI: 10.2147/IDR.S374904
- Metodicheskie ukazaniya MUK 4.2.3115-13. Laboratornaya diagnostika vnebol’nichnykh pnevmoniy (utv. i vvedeny v deystvie Federal’noy sluzhboy po nadzoru v sfere zashchity prav potrebiteley i blagopoluchiya cheloveka 21.10.2013) [Guidelines MUK 4.2.3115-13. Laboratory diagnosis of community-acquired pneumonia (approved and put into effect by the Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Welfare on October 21, 2013)], available at: https://base.garant.ru/70608740
- Metodicheskie rekomendatsii MR 4.2.0114-16. Laboratornaya diagnostika vnebol’nichnoy pnevmonii pnevmokokkovoy etiologii (utv. i vvedeny v deystvie Federal’noy sluzhboy po nadzoru v sfere zashchity prav potrebiteley i blagopoluchiya cheloveka 20.10.2016) [Methodological recommendations MP 4.2.0114-16. Laboratory diagnosis of community-acquired pneumonia of pneumococcal etiology (approved and put into effect by the Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Welfare on October 20, 2016)], available at: https://docs.cntd.ru/document/456092897
- Schubert B.D., Ku H., Kabwe M., Nguyen T.H., Irving H., Tucci J. Effects of Klebsiella pneumoniae Bacteriophages on IRAK3 Knockdown/Knockout THP–1 Monocyte Cell Lines. Viruses, 2022, vol. 14 (11), pp. 25–82. DOI: 10.3390/v14112582