УДК 578.834.1

И.В. НИКОЛАЕВА¹, Л.Р. ГАЙНАТУЛЛИНА², С.Е. ГУСЕВА², Е.Ф. ЮМАГУЛОВА², М.Н. БЕЛОВА²

 ¹Казанский государственный медицинский университет МЗ РФ, г. Казань

²Республиканская клиническая инфекционная больница им. проф. А.Ф. Агафонова МЗ РТ, г. Казань

Контактная информация:

Николаева Ирина Венидиктовна — д.м.н., профессор, заведующая кафедрой инфекционных болезней КГМУ

Адрес: 420012, г. Казань, ул. Бутлерова, 49, тел.: +7-960-037-70-17, е-mail: irinanicolaeva@mail.ru

 Цель исследования — изучить этиологическую структуру и антибиотикорезистентность возбудителей сепсиса у больных COVID-19.

Материал и методы. Проведено ретроспективное обсервационное неконтролируемое исследование. Проанализированы результаты обследования 584 пациентов с тяжелой и крайне тяжелой формой COVID-19, госпитализированных в Республиканскую клиническую инфекционную больницу г. Казани в период с 1 апреля 2020 г. по 1 октября 2022 г. Идентификацию возбудителя в крови и других биологических материалах проводили с использованием масс-спектрометра Microflex LT Bruker. Чувствительность к антибиотикам выделенных штаммов бактерий определялась дискодиффузионным методом с использованием анализатора ADAGIO (Франция).

Результаты. Различные виды бактерий были выделены из крови у 76 (13%) пациентов с тяжелой и критической формой COVID-19 и сепсисом, в том числе: A. baumannii (23,7%), K. pneumoniae (19,7%), S. haemolyticus (19,7%), S. aureus (7,9%), E. faecium (11,8%), E. faecalis (7,9%), E. coli (3,9%), R. planticola (2,6%), P. Aeruginosa (2,6%), S. pneumoniae (2,6%), S. maltophilia (1,3%), B. cereus (1,3%). У 15 пациентов (19,7%) из крови выделены ассоциации 2–3 видов бактерий. Изоляты A. baumannii были устойчивы к карбапенемам (94,5%), фторхинолонам и аминогликозидам (100%), триметоприм-сульфаметоксазолу (83,3%). Штаммы K. рneumoniaе были устойчивы к карбапенемам (60%), цефалоспоринам (цефиксиму, цефтазидиму) (73,3%), фторхинолонам (ципрофлоксацину) (80%), аминогликозидам (60 %), полусинтетическим пенициллинам (100%). 33,3% штаммов S. аureus были устойчивы к триметоприм-сульфаметоксазолу, 16,7% — оксациллину, эритромицину и гентамицину. Устойчивость S. haemolyticus к триметоприм-сульфаметоксазолу выявлена у 86,7%, эритромицину — у 80%, норфлоксацину — у 50% штаммов. 93,3% штаммов S. haemolyticus были метициллинрезистентными. 88,9% штаммов E. faecium были устойчивы к ампициллину, 22,2% — тигециклину, 11,1% — линезолиду. 50% штаммов E. faecalis были устойчивы к норфлоксацину, 16,7% штаммов — амоксициллину, ампициллину и пиперациллину. P. aeruginosa 50% штаммов были устойчивы к левофлоксацину. R. Planticola была устойчива ко всем тестированным антибиотикам. S. maltophilia проявила чувствительность к ко-тримоксазолу только при увеличенной экспозиции.

Выводы. Бактериальный сепсис диагностирован у 13% тяжелых и критических больных с COVID-19. Этиологическая структура сепсиса включает широкий спектр патогенов с преобладанием мультирезистентных бактерий из группы ESKAPE-патогенов. Данные об этиологической структуре и антибиотикорезистентности выделенных патогенов следует учитывать для рационального использования антимикробных препаратов в терапии сепсиса у больных COVID-19.

Ключевые слова: COVID-19, сепсис, антибиотикорезистентность.

  

I.V. NIKOLAEVA¹, L.R. GAYNATULLINA², S.E. GUSEVA², E.F. YUMAGULOVA², M.N. BELOVA² 

¹Kazan State Medical University, Kazan

²Republic Infectious Clinical Hospital named after Prof. A.F. Agafonov, Kazan

 Etiological structure and antibiotic resistance of sepsis pathogens in patients with COVID-19

 Contact details:

Nikolaeva I.V. — MD, Professor, Head of the Department of Infectious Diseases

Address: 49 Butlerov St., Kazan, Russian Federation, 420110, tel.: +7 (843) 267-80-71, e-mail: irinanicolaeva@mail.ru

 The purpose — to study the etiological structure and antibiotic resistance of sepsis pathogens in patients with COVID-19.

Material and methods. A retrospective observational, uncontrolled study was conducted. We analyzed the results of an examination survey of 584 patients with severe and extremely severe forms of COVID-19 hospitalized at the Republic Clinical Infectious Diseases Hospital in Kazan from April 1, 2020 to October 1, 2022. Identification of the pathogen in blood and other biological materials was carried out using a Microflex LT Bruker mass spectrometer. The antibiotic sensitivity of the isolated bacterial strains was determined by the disk diffusion method using an ADAGIO analyzer (France).

Results. Various types of bacteria were isolated from the blood of 76 (13%) patients with severe and critical forms of COVID-19, including: A. baumannii (23.7%), K. pneumoniae (19.7%), S. haemolyticus (19.7%), S. aureus (7.9%), E. faecium (11.8%), E. faecalis (7.9%), E. coli (3.9%), R. planticola (2.6%), P. aeruginosa (2.6%), S. pneumoniae (2.6%), S. maltophilia (1.3%), and B. cereus (1.3%). In 15 patients (19.7%) associations of 2–3 types of bacteria were isolated from the blood. A. baumannii isolates were resistant to carbapenems (94.5%), fluoroquinolones and aminoglycosides (100%), and trimethoprim-sulfamethoxazole (83.3%) strains. K. рneumoniae strains were resistant to carbapenems (60%), cephalosporins (cefixime, ceftazidime) (73.3%), fluoroquinolones (ciprofloxacin) (80%), aminoglycosides (60%), and semisynthetic penicillins (100%). 33.3% of S. aureus strains were resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, 16.7% — to oxacillin, erythromycin and gentamicin. Resistance of S. haemolyticus to trimethoprim-sulfamethoxazole was detected in 86.7%, to erythromycin — in 80%, to norfloxacin — in 50% of strains. 93.3% of S. haemolyticus strains were methicillin-resistant. 88.9% of E. faecium strains were resistant to ampicillin, 22.2% to tigecycline, 11.1% to linezolid. 50% of E. faecalis strains were resistant to norfloxacin, 16.7% of strains were resistant to amoxicillin, ampicillin and piperacillin. P. aeruginosa 50% of strains were resistant to levofloxacin. R. planticola was resistant to all antibiotics tested. S. maltophilia demonstrated sensitivity to co-trimoxazole only with increased exposure.

Conclusion. Bacterial sepsis was diagnosed in 13% of severe and extremely severe patients with COVID-19. The etiological structure of sepsis includes a wide range of pathogens with a predominance of multi-resistant bacteria from the group of ESKAPE pathogens. Data on the etiological structure and antibiotic resistance of isolated pathogens should be taken into account for the rational use of antimicrobial drugs in the treatment of sepsis in patients with COVID-19.

Key words: COVID-19, sepsis, antibiotic resistance.

  

Пандемия COVID-19 стала причиной заболевания почти 800 млн человек и летального исхода у 7 млн человек во всем мире [1]. В период пандемии COVID-19 отмечался рост числа случаев тяжелых бактериальных и грибковых суперинфекций, в том числе сепсиса различной этиологии [2, 3]. Согласно определению Международного консенсуса Sepsis-3, сепсис представляет собой патологический процесс, в основе которого лежит нерегулируемая системная воспалительная реакция организма на инфекцию различной этиологии в сочетании с остро развившейся органной дисфункцией или доказательствами микробной диссеминации [4]. По данным Zhang G. et al. (2020), у 58% пациентов с тяжелой формой COVID-19, госпитализированных в отделение интенсивной терапии, развивались вторичные инфекции, включая инфекции кровотока, респираторные и инфекции мочевых путей [5]. По данным Wang L. et al. (2020), 81,7% пациентов, умерших от COVID-19, имели вторичную бактериальную инфекцию [6]. Доказано, что развитие бактериального сепсиса у больных COVID-19 было связано с 2,5-кратным увеличением риска смерти [7].

В период пандемии широкое и необоснованное применение антибактериальных препаратов на амбулаторном и госпитальном этапе лечения больных коронавирусной инфекцией привело к росту антибиотикорезистентности и широкому распространению мультирезистентных возбудителей бактериальных инфекций, в связи с чем для эффективного лечения бактериальных суперинфекций больных с COVID-19 крайне важно идентифицировать вторичный патоген, а также определить его чувствительность к антимикробным препаратам [8–13].

Цель исследования — изучить этиологическую структуру и антибиотикорезистентность возбудителей сепсиса у больных COVID-19.

Материал и методы

Проведено одноцентровое ретроспективное обсервационное неконтролируемое исследование. Проанализированы лабораторные и инструментальные данные, а также сведения из консультативных заключений специалистов о состоянии больных, полученные в ходе стационарного обследования 584 пациентов с тяжелой и крайне тяжелой формой COVID-19 в возрасте ≥ 18 лет, госпитализированных в Республиканскую клиническую инфекционную больницу г. Казани в период в период с 1 апреля 2020 г. по 1 октября 2022 г. У всех пациентов клинико-лабораторные данные соответствовали критериям «Сепсиса-3» в связи с наличием пневмонии и синдрома полиорганной недостаточности с оценкой по SOFA более 2 баллов. Тяжесть состояния пациентов оценивалась согласно актуальным версиям «Временных методических рекомендаций» «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)» МЗ РФ [14, 15]. Диагноз COVID-19 был подтвержден положительным результатом ПЦР исследования назофарингеального мазка на РНК SARS-CoV-2. Всем пациентам проведено микробиологическое исследование крови. У 32 пациентов с подтвержденной бактериемией проведено микробиологическое исследование мочи, у 14 — аспирата эндотрахеальной трубки (ЭТТ). Идентификацию возбудителя в крови и других биологических материалах (моча, ЭТТ аспират) проводили с использованием масс-спектрометра Microflex LT Bruker. Чувствительность к антибиотикам выделенных штаммов бактерий определялась дискодиффузионным методом с использованием анализатора ADAGIO (Франция).

Из электронной медицинской карты были получены демографические данные, данные анамнеза заболевания, жизни, данные о перенесенных заболеваниях и сопутствующей патологии, клинические данные. Результаты инструментального, лабораторного и микробиологического исследований получены из лабораторной информационной системы (ЛИС).

Статистический анализ

Статистический анализ проводился в программе Microsoft Excel версии 2021 г. Анализ количественных данных на нормальность распределения проводился с помощью критерия Шапиро — Уилка. Для количественных данных, имеющих нормальное распределение, рассчитывалось среднее арифметическое и доверительный интервал.

Результаты

По результатам микробиологического исследования бактериальный или грибковый сепсис диагностирован у 76 (13%) больных. В этиологической структуре сепсиса Гр- бактерии составили 50%, Гр- бактерии — 46%, грибы рода Candida — 4,0%.

Среди пациентов с COVID-19 и сепсисом 34 (44,7%) были женщины и 42 (55,3%) мужчины. Средний возраст пациентов составил 68 (27–92) лет. 32 пациента (42,1%) госпитализированы в ОРИТ из приемного отделения. 44 пациента (57,9%) переведены в ОРИТ из инфекционных отделений стационара в среднем через 8,1 (min 1 — max 22 дня) дней от момента госпитализации, в связи с ухудшением состояния. У всех пациентов имелась коморбидная патология, наиболее часто — гипертоническая болезнь (69,7%), ожирение (27,6%), ИБС (25%), сахарный диабет (22,4%). Индекс коморбидности Чарльсона составил 4,8 (табл. 1).

Таблица 1. Демографическая и клиническая характеристика пациентов с COVID-19 и сепсисом

Table 1. Demographic and clinical characteristics of patients with COVID-19 and sepsis

Параметры	абс.число (%)
КВИ, тяжелая форма КВИ, крайне тяжелая форма	49 (64.5%) 27 (35.5%
ИБС Гипертоническая болезнь	19 (25%) 53 (69,7%)
Ожирение Сахарный диабет	21 (27,6%) 17 (22,4%)
Хронические заболевания органов дыхания (ХОБЛ, бронхит, бронхиальная астма)	8 (10,5%)
Хронические заболевания ЖКТ (гастрит, язвенная болезнь, желчнокаменная болезнь, цирроз печени)	9 (11,8%)
Хроническая болезнь почек (ХБП, пиелонефрит)	12 (15,8%)
Онкологические заболевания	8 (10,5%)
Индекс коморбидности Чарльсона	4,8 (1–10)

У всех пациентов ОРИТ были установлены периферические венозные катетеры, у 94% пациентов — мочевые катетеры. На ИВЛ находились 57 пациентов (75%). Полисегментарная пневмония с объемом поражения легких до 50% (КТ 2) диагностирована при поступлении в ОРИТ у 14 (18,4%), КТ 3 — у 36 (47,4%), КТ 4 — у 19 (25%) больных. У 7 пациентов (9,2%) КТ легких не было проведено по тяжести состояния. Острая дыхательная недостаточность имела место у 100% больных, энцефалопатия диагностирована у 39 (51,3%) больных, ОРДС — у 31 (40,8%), гидроторакс — у 12 (15,8%), острое почечное повреждение — у 6 (7,9%), печеночная недостаточность — у 5 (6,6%), септический шок — у 3 (3,9%), геморрагический инсульт — у 1 (1,3%), абсцесс легких — у 1 (1,3%), острый тромбоз вен нижних конечностей — у 1 (1,3%) пациента.

По результатам микробиологического исследования крови A. baumannii выделен у 18 (23,7%), K. pneumoniae — у 15 (19,7%), S. haemolyticus — у 15 (19,7%), S. aureus – у 6 (7,9%), E. faecium — у 9 (11,8%), E. faecalis — у 6 (7.9%), E. coli — у 3 (3,9%), Candida spp. — у 3 (3,9%) пациентов (рис. 1). В единичных случаях в крови обнаружены R. planticola (2,6%), P. aeruginosa (2,6%), S. pneumonia (2,6%), S. maltophilia (1,3%), B. Cereus (1,3%). У 15 пациентов (19,7%) из крови выделены ассоциации 2–3 видов бактерий. Варианты микробных ассоциаций были разнообразными: K. pneumoniae + A. baumanii, A. baumanii + E. faecium, A. baumanii + R. planticola + E. faecalis, K. pneumoniae + P. aeruginosa и др.

Рисунок 1. Этиологическая структура сепсиса у больных COVID-19

Figure 1. Etiological structure of sepsis in COVID-19 patients

Изоляты A. baumannii имели экстремальную резистентность к антибиотикам: к карбапенемам были устойчивы 94,5%, фторхинолонами аминогликозидам — 100%, триметоприм-сульфаметаксазолу — 83,3%. Штаммы K. рneumoniaе были устойчивы к карбапенемам — в 60%, к цефалоспоринам (цефиксиму, цефтазидиму) — в 73,3%, фторхинолонам (ципрофлоксацину) — в 80%, аминогликозидам — в 60%, полусинтетическим пенициллинам (амоксициллину, ампициллину) — в 100 %случаев.

Штаммы S. аureus продемонстрировали невысокий уровень устойчивости к антибиотикам. Все штаммы были чувствительны к линезолиду, тетрациклину, хлорамфениколу. 33,3% изолятов S. аureus были устойчивы к триметоприм-сульфаметоксазолу, 16,7% — к оксациллину, эритромицину и гентамицину.

Выявлен высокий уровень устойчивости штаммов S. haemolyticus к триметоприм-сульфаметаксазолу (86,7%), эритромицину (80%), норфлоксацину (50%). 93,3% штаммов S. haemolyticus были метициллинрезистентными.

88,9% штаммов E. faecium были устойчивы к ампициллину, 22,2% — тигециклину, 11,1% — линезолиду. 50% штаммов E. faecalis были устойчивы к норфлоксацину, 16,7% штаммов — амоксициллину, ампициллину и пиперациллину. Все штаммы E. faecalis были чувствительны к ванкомицину и тигециклину. 100% штаммов P. Aeruginosa были чувствительны к амикацину, ципрофлоксацину и карбапенемам, 50% штаммов были устойчивы к левофлоксацину.

1. planticola была устойчива ко всем тестированным антибиотикам (ампициллину, амоксициллину, цефотаксиму, цефепиму, ципрофлоксацину, цефтазидиму). Штамм S.maltophilia продемонстрировал промежуточную чувствительность к триметоприм-сульфаметоксазолу при увеличенной экспозиции.

У 7 пациентов (9,2%) из крови и ЭТТ выделены бактерии одного вида: A. baumannii у 4 (5,3%), K. pneumoniae — 3 (3,9%), Candida — 1 (1,3%). У 1 пациента из крови и из ЭТТ выделены ассоциации A. baumannii и K. pneumoniae. У 14 (18,4%) пациентов из крови и ЭТТ были выделены различные виды бактерий. У 6 пациентов из крови и мочи выделены: K. pneumoniae — 2 (2,6%), E. coli — 2 (2,6%), A. baumannii — 1(,3%),

Длительность госпитализации в среднем составила 17,3 дня (1–69 дней). 19 (25%) пациентов были выписаны, 2 (2,6%) пациента переведены в другие стационары. Умерло 55 человек (72,3%).

Обсуждение

Опыт пандемии COVID-19 свидетельствует о том, что пациенты с тяжелыми формами заболевания имеют высокий риск бактериальной и грибковой суперинфекции [2, 3, 8, 16]. Основными причинами высокой частоты суперинфекции и внутрибольничных инфекций у больных COVID-19 являются лимфоцитопения и снижение иммунных функций хозяина у пациентов в критическом состоянии [17]. У пациентов с артериовенозными катетерами, мочевыми и желудочными зондами, на ИВЛ повышается восприимчивость к внутрибольничным патогенам с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), таким как A. baumannii, K. pneumoniae, P. aeruginosa, что приводит к увеличению риска развития септического шока и смерти [13, 18].

Мы изучили частоту развития и этиологическую структуру бактериального сепсиса, развившегося у больных с тяжелой и критической формой COVID-19, госпитализированных в период с 1 апреля 2020 г. по 1 октября 2022 г. Различные виды бактерий в крови, аспиратах ЭТТ, мочи выявлены у 13% пациентов с тяжелой и критической формой COVID-19, что свидетельствовало о развитии у данных пациентов бактериального сепсиса. Полученные данные согласуются с результатами исследований Chappell C. et al. (2022) [10]. Большинство случаев бактериального сепсиса зарегистрировано у больных COVID-19 старше 60 лет (77,6%), что в большей степени объясняется преобладанием лиц данной возрастной группы среди пациентов с тяжелым течением коронавирусной инфекции. У всех пациентов присутствовали факторы риска развития внутрибольничной инфекции: пребывание в отделении реанимации, ИВЛ, наличие сосудистых и мочевых катетеров, проведение стероидной и иммуносупрессивной терапии.

С микробиологической точки зрения наблюдался значительный спектрвозбудителей сепсиса у пациентов с COVID-19, с высокой долей МЛУ-бактерий. В этиологической структуре сепсиса у пациентов с COVID-19 доминировали возбудители из числа ESKAPE-патогенов (K. pneumoniae, A. baumanii), которые являются основными возбудителями внутрибольничного сепсиса во всем мире и хорошо известны своими вирулентными свойствами и МЛУ, вплоть до панрезистентности [9–11, 13, 18]. Выявлена экстремальная резистентность к антибиотикам у штаммов A. baumannii, обладавших высокой устойчивостью к фторхинолонам, карбапенемам, аминогликозидам и триметоприм-сульфаметаксазолу. Большинство выделенных штаммов K. рneumoniaе были устойчивы к цефалоспоринам, полусинтетическим пенициллинам и фторхинолонам, к амикацину и эртапенему.

Обращает на себя внимание значительная доля в этиологической структуре сепсиса полирезистентных S. haemolyticus (19,7%). Общепризнано, что коагулазонегативные стафилококки (КОС) являются распространенными контаминантами в культурах крови, однако КОС также признаны значимыми патогенами катетер-ассоциированных инфекций кровотока [19]. В связи с этим интерпретация положительных результатов выделения КОС из крови представляет затруднение [20]. По данным Elzi L. et al. (2012), подтверждением этиологической роли КОС в развитии инфекции кровотока являются наличие у пациента, наряду с положительной гемокультурой, 2–3 критериев системной воспалительной реакции и центрального венозного катетера [19].

У тяжелых пациентов с COVID-19 в нашем исследовании в крови обнаружены редкие возбудители сепсиса: R. рlanticola, S. maltophilia, B. cereus. Данные патогены могут быть возбудителями внебольничных и внутрибольничных инфекций: бактериемии, пневмонии, инфекции мочевыводящих и желчевыводящих путей [20]. По результатам наших исследований, штаммы R. Planticola и S. maltophilia были устойчивы ко всем тестированным антибиотикам, что делает терапию вызванных ими инфекций весьма проблематичной.

У каждого 5-го пациента с бактериальным сепсисом из крови выделены 2–3 вида бактерий в различных комбинациях. Исход полимикробного сепсиса во всех случаях был летальный. По данным литературы, полимикробный сепсис ассоциируется с худшими исходами для пациентов, чем мономикробный сепсис. Развитие полимикробного сепсиса и высокая смертность от вирусно-бактериального сепсиса у больных COVID-19 объясняется глубокой иммуносупрессией, обусловленной преобладанием противовоспалительных медиаторов и выраженной лимфопенией в результате апоптоза [10, 21–23].

Таким образом, микробиологически подтвержденный сепсис диагностирован у 13% тяжелых и критических больных с COVID-19. Бактериальный сепсис в данной группе может быть вызван широким спектром возбудителей с преобладанием мультирезистентных бактерий из группы ESKAPE-патогенов. Данные об этиологической структуре и антибиотикорезистентности выделенных патогенов следует учитывать для рационального использования антимикробных препаратов в терапии сепсиса у больных COVID-19.

Николаева И.В.

http://orcid.org/0000-0003-0104-5895

Гайнатуллина Л.Р.

http://orcid.org/0000-0002-8124-5880

Гусева С.Е.

http://orcid.org/0000-0002-4897-4547

Литература

1. Случаи COVID-19. Информационная панель ВОЗ по COVID-19 (who.int). — URL: https://data.who.int/dashboards/covid19/cases?n=c]
2. Gu X., Zhou F., Wang Y. et al. Respiratory viral sepsis: epidemiology, pathophysiology, diagnosis and treatment // Eur. Res. Rev. — 2020. — Vol. 29 (157). — 200038. DOI: 10.1183/16000617.0038-2020
3. Hoque M.N., Akter S., Mishu I.D. et al. Microbial co-infections in COVID-19: Associated microbiota and underlying mechanisms of pathogenesis // Microb. Pathog. — 2021. — Vol. 156. — 104941. DOI: 10.1016/j.micpath.2021.104941
4. Singer M. et al. The Third International consensus definitions for sepsis and septic shock. (Sepsis-3) // JAMA. — 2016. — Vol. 315 (8). — С. 801–810.
5. Zhang G., Hu C., Luo L, et al. Clinical features and short-term outcomes of 221 patients with COVID-19 in Wuhan, China // J. Clin. Virol. — 2020. — Vol. 127. — 104364. DOI: 10.1016/j.jcv.2020.104364
6. Wang L., He W., Yu X., Hu D., Bao M., Liu H. et al. Coronavirus disease 2019 in elderly patients: characteristics and prognostic factors based on 4-week follow-up // J. Inf. — 2020. — Vol. 80 (6). — P. 639–645. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.03.019
7. Martins-Filho P.R., Tavares C.S.S, Santos V.S. Factors associated with mortality in patients with COVID-19. A quantitative evidence synthesis of clinical and laboratory data // Eur. J. Int. Med. — 2020. — Vol. 76. — P. 97–99. DOI: 10.1016/j.ejim.2020.04.043
8. Pasquini Z., Barocci I., Brescini L. et al. Bloodstream infections in the COVID-19 era: results from an Italian multi-centre study // Int. J. Infect. Dis. — — Vol. 111. — P. 31–36. DOI: 10.1016/j.ijid.2021.07.065
9. Heubner L., Hattenhauer S.., Güldner A. et al. Characteristics and outcomes of sepsis patients with and without COVID-19 // J. Infect. Pub. Health. — — Vol. 15 (6). — P. 670–676. DOI: 10.1016/j.jiph.2022.05.008
10. Shappell C.N., Klompas M., Kanjilal S. et al. Prevalence, clinical characteristics, and outcomes of sepsis caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 versus other pathogens in hospitalized patients with COVID-19 // Crit. Care Explor. — 2022. — Vol. 4 (5). — P. e0703. DOI: 10.1097/CCE.0000000000000703
11. Puzniak L.A., Bauer K.A., Yu K.C. et al. A multicenter evaluation of antibacterial use in hospitalized patients through the SARS-Cov-2 pandemic waves // BMC Infect. Dis. — 2023. — Vol. 23 (1). — P. 117. DOI: 10.1186/s12879-023-08042-0
12. Walsh T.J., Bright R.A., Ahuja A. et al. Meeting the challenges of sepsis in severe coronavirus disease 2019: a call to arms // Open Forum Infect. Dis. — 2022. — Vol. 10 (1). — P. ofac645. DOI: 10.1093/ofid/ofac645
13. Bartoszewicz M., Czaban S.L., Bartoszewicz K., Kuźmiuk D., Ładny J.R. Bacterial bloodstream infection in critically ill patients with COVID-19: a retrospective cohort study // Ther. Adv. Infect. Dis. — 2023. — Vol. 10. — DOI: 10.1177/20499361231207178
14. Авдеев С.Н., Адамян Л.В., Алексеева Е.И. Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)». Версия 13 (14.10.2020). МЗ РФ.
15. Авдеев С.Н., Адамян Л.В., Алексеева Е.И. Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)». Версия 14 (27.12.2021). МЗ РФ.
16. Moreno-García E., Puerta-Alcalde P., Letona L. et al. COVID-19-researcher group. Bacterial co-infection at hospital admission in patients with COVID-19 // I J. Infect. Dis. — 2022. — Vol. 118. — P. 197–202. DOI: 10.1016/j.ijid.2022.03.003
17. Кароли Н.А., Ребров А.П. Частота и характер бактериальной инфекции у больных COVID-19 // Южно-Российский журнал терапевтической практики. — 2023. — Т.4, № 1. — С. 28–39. DOI: 21886/2712-8156-2023-4-1-28-39
18. Protonotariou E., Mantzana P., Meletis G. et al. Microbiological characteristics of bacteremias among COVID-19 hospitalized patients in a tertiary referral hospital in Northern Greece during the second epidemic wave // FEMS Microbes. — 2021. — Vol. 2. — xtab021. DOI: 10.1093/femsmc/xtab021
19. Elzi L., Babouee B., Vögeli N., Laffer R. et al. How to discriminate contamination from bloodstream infection due to coagulase-negative staphylococci: a prospective study with 654 patients // Clin. Mcrobiol. Infect. — 2012. — Vol. 18 (9). — P. E355–361. DOI: 10.1111/j.1469-0691.2012.03964.x
20. Edbert D., Mertaniasih N.M., Endraswari P.D. Phenotypic analyses of blood culture contaminants in COVID-19 intensive care unit using hierarchical clustering during the pandemic first wave in Surabaya // Path. Lab. Med. Int. — 2022. — Vol. 14. — P. 7–13.
21. Salimiyanrizi K., Farsiani H. Raoultella infections from clinical to laboratory — update & literature review // Clin. Med. — 2022. — Vol. 9 (4). — P. 159–171.
22. Abed N., Hussein A., Salaheldine S. et all. Outcome of unimicrobial versus polymicrobial sepsis // Crit. Care. — 2010. — Vol. 14 (1). — P62. DOI: 10.1186/cc8294
23. Wu C.P., Adhi F., Highland K. Recognition and management of respiratory co-infection and secondary bacterial pneumonia in patients with COVID-19 // Clin. J. Med. — 2020. — Vol. 87 (11). — P. 659–663. DOI: 10.3949/ccjm.87a.ccc015

REFERENCES

1. Sluchai COVID-19. Informatsionnaya panel’ VOZ po COVID-19 [COVID-19 cases. WHO COVID-19 dashboard], available at: https://data.who.int/dashboards/covid19/cases?n=c]
2. Gu X., Zhou F., Wang Y. et al. Respiratory viral sepsis: epidemiology, pathophysiology, diagnosis and treatment. Eur. Res. Rev, 2020, vol. 29 (157), 200038. DOI: 10.1183/16000617.0038-2020
3. Hoque M.N., Akter S., Mishu I.D. et al. Microbial co-infections in COVID-19: Associated microbiota and underlying mechanisms of pathogenesis. Microb. Pathog, 2021, vol. 156, 104941. DOI: 10.1016/j.micpath.2021.104941
4. Singer M. et al. The Third International consensus definitions for sepsis and septic shock. (Sepsis-3). JAMA, 2016, vol. 315 (8), pp. 801–810.
5. Zhang G., Hu C., Luo L, et al. Clinical features and short-term outcomes of 221 patients with COVID-19 in Wuhan, China. J. Clin. Virol, 2020, vol. 127, 104364. DOI: 10.1016/j.jcv.2020.104364
6. Wang L., He W., Yu X., Hu D., Bao M., Liu H. et al. Coronavirus disease 2019 in elderly patients: characteristics and prognostic factors based on 4-week follow-up. J. Inf, 2020, vol. 80 (6), pp. 639–645. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.03.019
7. Martins-Filho P.R., Tavares C.S.S, Santos V.S. Factors associated with mortality in patients with COVID-19. A quantitative evidence synthesis of clinical and laboratory data. Eur. J. Int. Med, 2020, vol. 76, pp. 97–99. DOI: 10.1016/j.ejim.2020.04.043
8. Pasquini Z., Barocci I., Brescini L. et al. Bloodstream infections in the COVID-19 era: results from an Italian multi-centre study. Int. J. Infect. Dis, 2021, vol. 111, pp. 31–36. DOI: 10.1016/j.ijid.2021.07.065
9. Heubner L., Hattenhauer S.., Güldner A. et al. Characteristics and outcomes of sepsis patients with and without COVID-19. J. Infect. Pub. Health, 2022, vol. 15 (6), pp. 670–676. DOI: 10.1016/j.jiph.2022.05.008
10. Shappell C.N., Klompas M., Kanjilal S. et al. Prevalence, clinical characteristics, and outcomes of sepsis caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 versus other pathogens in hospitalized patients with COVID-19. Crit. Care Explor, 2022, vol. 4 (5), p. e0703. DOI: 10.1097/CCE.0000000000000703
11. Puzniak L.A., Bauer K.A., Yu K.C. et al. A multicenter evaluation of antibacterial use in hospitalized patients through the SARS-Cov-2 pandemic waves. BMC Infect. Dis, 2023, vol. 23 (1), p. 117. DOI: 10.1186/s12879-023-08042-0
12. Walsh T.J., Bright R.A., Ahuja A. et al. Meeting the challenges of sepsis in severe coronavirus disease 2019: a call to arms. Open Forum Infect. Dis, 2022, vol. 10 (1), pp. ofac645. DOI: 10.1093/ofid/ofac645
13. Bartoszewicz M., Czaban S.L., Bartoszewicz K., Kuźmiuk D., Ładny J.R. Bacterial bloodstream infection in critically ill patients with COVID-19: a retrospective cohort study. Ther. Adv. Infect. Dis, 2023, vol. 10, 20499361231207178. DOI: 10.1177/20499361231207178
14. Avdeev S.N., Adamyan L.V., Alekseeva E.I. Vremennye metodicheskie rekomendatsii “Profilaktika, diagnostika i lechenie novoy koronavirusnoy infektsii (COVID-19)”. Versiya 13 (14.10.2020). MZ RF [Temporary guidelines “Prevention, diagnosis and treatment of new coronavirus infection (COVID-19).” Version 13 (10/14/2020). Ministry of Health of the Russian Federation].
15. Avdeev S.N., Adamyan L.V., Alekseeva E.I. Vremennye metodicheskie rekomendatsii “Profilaktika, diagnostika i lechenie novoy koronavirusnoy infektsii (COVID-19)”. Versiya 14 (27.12.2021). MZ RF [Temporary guidelines “Prevention, diagnosis and treatment of new coronavirus infection (COVID-19).” Version 14 (12/27/2021). Ministry of Health of the Russian Federation].
16. Moreno-García E., Puerta-Alcalde P., Letona L. et al. COVID-19-researcher group. Bacterial co-infection at hospital admission in patients with COVID-19. Int. J. Infect. Dis, 2022, vol. 118, pp. 197–202. DOI: 10.1016/j.ijid.2022.03.003
17. Karoli N.A., Rebrov A.P. Frequency and nature of bacterial infection in patients with COVID-19. Yuzhno-Rossiyskiy zhurnal terapevticheskoy praktiki, 2023, vol. 4, no. 1, pp. 28–39 (in Russ.). DOI: 10.21886/2712-8156-2023-4-1-28-39
18. Protonotariou E., Mantzana P., Meletis G. et al. Microbiological characteristics of bacteremias among COVID-19 hospitalized patients in a tertiary referral hospital in Northern Greece during the second epidemic wave. FEMS Microbes, 2021, vol. 2, xtab021. DOI: 10.1093/femsmc/xtab021
19. Elzi L., Babouee B., Vögeli N., Laffer R. et al. How to discriminate contamination from bloodstream infection due to coagulase-negative staphylococci: a prospective study with 654 patients. Clin. Mcrobiol. Infect, 2012, vol. 18 (9), pp. E355–361. DOI: 10.1111/j.1469-0691.2012.03964.x
20. Edbert D., Mertaniasih N.M., Endraswari P.D. Phenotypic analyses of blood culture contaminants in COVID-19 intensive care unit using hierarchical clustering during the pandemic first wave in Surabaya. Path. Lab. Med. Int, 2022, vol. 14, pp. 7–13.
21. Salimiyanrizi K., Farsiani H. Raoultella infections from clinical to laboratory — update & literature review. Rev. Clin. Med, 2022, vol. 9 (4), pp. 159–171.
22. Abed N., Hussein A., Salaheldine S. et al. Outcome of unimicrobial versus polymicrobial sepsis. Crit. Care, 2010, vol. 14 (1), p. 62. DOI: 10.1186/cc8294
23. Wu C.P., Adhi F., Highland K. Recognition and management of respiratory co-infection and secondary bacterial pneumonia in patients with COVID-19. Cleve. Clin. J. Med, 2020, vol. 87 (11), pp. 659–663. DOI: 10.3949/ccjm.87a.ccc015