УДК 616-053.3:57.063.8

И.В. НИКОЛАЕВА¹, Г.С. ШАЙХИЕВА², Т.В. ГРИГОРЬЕВА³, И.Ю. ВАСИЛЬЕВ³, Е.С. ГЕРАСИМОВА⁴, Н.С. ЛЕОНТЬЕВА⁴

 ¹Казанский государственный медицинский университет МЗ РФ, г. Казань

²Республиканская клиническая инфекционная больница им. проф. А.Ф. Агафонова МЗ РТ, г. Казань

³Казанский (Приволжский) федеральный университет, г. Казань

⁴Ассоциация клинико-диагностических лабораторий СИТИЛАБ, г. Казань,

Контактная информация:

Николаева Ирина Венидиктовна — доктор медицинских наук, профессор, заведующая кафедрой инфекционных болезней

Адрес: 420012, г. Казань, ул. Бутлерова, д. 49, тел.: +7-960-037-70-17, e-mail: Irinanicolaeva@ mail.ru.

Изучены антибиотикорезистентность и резистом кишечных штаммов Kl. pneumoniae, колонизирующих здоровых детей в родильных домах. По результатам исследований фенотипа исследуемые штаммы Kl. Pneumoniae в 92,3% случаев были продуцентами БЛРС и проявляли резистентность к ампициллину, амоксиклаву, ко-тримоксазолу, в меньшей степени к ципрофлоксацину и нитрофурантоину. 90% кишечных штаммов Kl. pneumoniae обладали множественной устойчивостью к антимикробным препаратам. Согласно полногеномному исследованию у всех штаммов обнаружены гены бета-лактамаз, в том числе bla_OXA-1 обнаружены у 60%, bla_TEM-30 — у 70%, bla_CTX-M-15 — у 70%, bla_SHV — у 100% штаммов. Гены устойчивости к аминогликозидам обнаружены у 90%, фторхинолонам — у 40%, сульфаниламидам — у 80%, хлорамфениколу — у 70%, тетрациклину — у 50% и триметоприму — у 70% штаммов Kl. pneumoniae.

Ключевые слова: клебсиеллезная инфекция, антибиотикочувствительность, новорожденнные, БЛРС.

I.V. NIKOLAEVA¹, G.S. SHAIKHIEVA², T.V. GRIGORYEVA³, I.U. VASILYEV³, E.S. GERASIMOVA⁴, N.S. LEONTIEVA⁴

 ¹Kazan (Volga) State Medical University, Kazan

²Republican Clinical Infectious Hospital named after Prof. A.F. Agafonov, Kazan

³ Kazan Federal University, Kazan

⁴CITILAB Association of Clinical Diagnostic Laboratories, Kazan

Antibiotic resistance of intestinal strains of Kl. pneumoniae in newborns in a maternity hospital

 Contact details:

Nikolaeva I.V. — MD, Professor, Head of the Department of Infectious Diseases

Address: 49 Butlerov St., Russian Federation, Kazan, 420012, tel.: + 7-960-037-70-17, e-mail: Irinanicolaeva @ mail.ru

Antibiotic resistance and resistome of intestinal strains of Kl. pneumoniae colonizing healthy babies in maternity hospitals were studied. According to the results of phenotype studies, Kl. pneumoniae in 92,3% of cases were ESBL producers and showed resistance to ampicillin, amoxiclav, co-trimoxazole, less to ciprofloxacin and nitrofurantoin. 90% of intestinal Kl. pneumoniae had multiple resistance to antimicrobial drugs. According to a genome-wide study, beta-lactamase genes were found in all strains. blaOXA-1 was found in 60%, blaTEM-30 in 70%, blaCTX-M-15 in 70%, blaSHV in 100% of the strains. Genes for resistance to aminoglycosides were found in 90%, fluoroquinolones — in 40%, sulfonamides — in 80%, chloramphenicol — in 70%, tetracycline — in 50%, and trimethoprim – in 70% of Kl. pneumoniae strains.

Key words: Klebsiella infection, antibiotic sensitivity, newborns, ESBL.

Растущая устойчивость возбудителей инфекционных заболеваний к противомикробным препаратам становится актуальной и глобальной проблемой здравоохранения, что ставит под угрозу эффективность антибиотиков, когда-то изменивших ход истории и спасших миллионы человеческих жизней. Ежегодная смертность от инфекций, вызванных полирезистентными микробами, достигает 700 тыс. по всему миру [1]. По данным центров США по контролю и профилактике заболеваний, более половины пациентов в стационарах получают антибактериальные препараты, а почти треть из них — антибиотики широкого спектра действия. Использование в отделениях новорожденных цефалоспоринов третьего поколения и карбапенемов расценивается как фактор риска для развития инфекций, обусловленных мультирезистентными штаммами [2]. Антибиотикорезистентные штаммы многих видов бактерий могут быть источником внутрибольничных вспышек среди новорожденных детей [3].

Темпы разработки и внедрения в практику новых антибиотиков отстают от темпов распространения резистентных к известным антибиотикам штаммов бактерий. Данная ситуация в большей степени актуальна для грамотрицательных (Гр-) микробов [4]. Особую проблему составляют полирезистентные Гр-возбудители: Acinetobacter spp., P. аeruginosa, а также продуцирующие β-лактамазу и карбапенемазу Klebsiella spp. и карбопенемрезистентные штаммы E. coli, которые оносятся к «ESCAPE»-патогенам [5]. Данные группы микроорганизмов возглавляют список приоритетных патогенов. По оценкам ученых в 2014 г. в 197 странах мира E. coli и Kl. pneumoniae, устойчивые к цефалоспоринам 3 поколения, вызвали ~ 6,4 млн случаев инфекций кровотока и ~ 50,1 млн случаев серьезных инфекций. Карбапенемрезистентные штаммы E. coli и Kl. pneumoniae стали причиной развития ~ 0,5 млн инфекций кровотока и ~ 3,1 млн случаев тяжелых бактериальных инфекций [6]. При лечении заболеваний, вызванных полирезистентными штаммами бактерий, значительно усложняется выбор антибактериальной терапии, особенно эмпирической.

Несмотря на то, что бактерии рода Klebsiella являются условно-патогенными микроорганизмами, они могут стать причиной развития инфекционной диареи, гнойно-воспалительных заболеваний и менингита у новорожденных детей. Инфекции, вызванные Kl. pneumoniae, продуцирующими карбапенемазы, характеризуются высокой летальностью и представляют большую терапевтическую проблему [4]. Антибиотикорезистентные штаммы Kl. pneumoniae способны формировать устойчивые очаги внутрибольничного заражения среди новорожденных [7, 8].

Цель исследования — изучение антибиотикорезистентности и резистома штаммов Kl. pneumoniae, колонизирующих детей в родильных домах.

Материал и методы

Исследование проведено на базе отделения новорожденных одного из родильных домов г. Казани, клинико-диагностической лаборатории «Ситилаб» (г. Казань) и Междисциплинарного центра протеомных исследований Казанского (Приволжского) федерального университета. Исследованы 26 штаммов Kl. pneumoniae, выделенных из фекалий у новорожденных детей в родильном доме на 4–5 день жизни. В исследование были включены здоровые доношенные дети с массой телой при рождении не менее 3000 г и находившиеся на грудном вскрамливании. В ранней неонатальной кишечной микробиоте, независимо от способа родоразрешения, выявлялась высокая частота колонизации штаммами Kl. pneumoniae, численность которой достигала 10⁹ КОЕ/гр фекалий, что было выше содержания облигатных бактерий. Дети-носители данных штаммов Kl. pneumoniae оставались клинически здоровыми весь период пребывания в родильном доме, и у них не было зарегистрировано случаев клебсиеллезной инфекции.

Оценку антибиотикочувствительности штаммов Kl. pneumoniae, выделенных из фекалий, определяли с помощью автоматической системы VITEK-2 Compact (Biomerieux, Франция) в соответствии с инструкциями производителя. Определялась чувствительность к амоксиклаву, ампициллину, амикацину, цефтриаксону, цефотаксиму, цефтазидину, нитрофурантоину, триметоприм / сульфаметоксазолу (ко-тримоксазол), ципрофлоксацину, хлорамфениколу, гентамицину, фосфомицину, имипенему, меропенему, азтреонаму. В исследовании также использованы пиобактериофаг и бактериофаг клебсиелл пневмонии.

Кроме того, с целью выявления генов устойчивости к антимикробным препаратам, а также установления родства между изолятами Kl. pneumoniae проведено полногеномное шотган (WGS) секвенирование на платформе Illumina MiSeq изолятов Kl. pneumoniae, выделенных у 8 новорожденных детей в условиях роддома на 4–5 день жизни и дополнительно у двух детей из этой же группы на первый и третий месяц жизни соответственно. Подготовку библиотек проводили в режиме paired-end, 2-250 п.о. с использованием наборов Nextera XT DNA Library Preparation Kit (Illumina Inc., США), согласно инструкциям производителя. Контроль качества полученных ридов проводили с помощью FastQC v0.11, обрезку — Cutadapt v. 2.4 [9] и Trimmomatic v. 0.39 [10]. В качестве геномного сборщика использовали SPAdes 3.9.1 [11]. Генотипирование проводили с помощью Kleborate v. 1.0 [12].

Результаты

Согласно результатам исследований фенотипа, исследуемые штаммы Kl. pneumoniae оказались устойчивыми к антимикробным препаратам разных классов. Все штаммы клебсиелл были резистентны к ампициллину. Ингибиторзащищенные β-лактамы также обладали низкой активностью в отношении клебсиелл. К ко-тримоксазолу были резистентны 23 (88,5%) штаммов, к ципрофлоксацину — 18 (69,2%) штаммов, к нитрофурантоину — 13 (50%) штаммов клебсиелл. Следует отметить, что большая часть изученных штаммов клебсиелл, выделенных из фекалий у детей в родильном доме, были резистентны к цефтриаксону, то есть являлись продуцентами β-лактамаз расширенного спектра действия (БЛРС). 6 из 8 протестированных штамма Kl. pneumoniae были резистентны к имипенему. Все штаммы были чувствительны к амикацину и меронему, 24 (92,3%) — к хлорамфениколу (рис. 1).

Рисунок 1. Устойчивость кишечных штаммов Kl. pneumoniae к антимикробным препаратам

Figure 1. Resistance of intestinal strains of Kl. Pneumonia to antimicrobial drugs

Примечание: AMP — ампициллин, AMC — амоксиклав, CRO — цефтриаксон, STX — сульфаметоксазол / триметоприм (ко—тримоксазол), CIP — ципрофлоксацин, IPM — имипенем, F — нитрофурантоин, AMK — амикацин, MEM — меропенем, C — хлорамфеникол.

Note: AMP — ampicillin, AMC — amoxiclav, CRO — ceftriaxone, STX — sulfamethoxazole / trimethoprim (co-trimoxazole), CIP — ciprofloxacin, IPM — imipenem, F — nitrofurantoin, AMK — amikacin, MEM — meropenem, C — chloramphenicol.

Ассоциированной устойчивостью к цефалоспоринам и фторхинолонам обладали 69,2 % (n = 18), к цефалоспоринам и сульфаниламидам — 88,5% (n = 23), к цефалоспоринам и нитрофуранам — 46,2% (n = 12) изученных штаммов Kl. pneumoniae. По результатам исследования фенотипического профиля антибиотикорезистентности из 26 штаммов клебсиелл, выделенных из кишечника новорожденных, 23 (88,5%) штаммов Kl. pneumoniae были устойчивы к представителям трех или более классов антимикробных средств, то есть были полирезистентными.

Изучена чувствительность штаммов Kl. pneumoniae к пиобактериофагу и бактериофагу клебсиелл пневмонии. 14 (60,9%) штаммов в проведенном исследовании были чувствительны ко всем бактериофагам. К пиобактериофагу были чувствительны 19 (79,2%), к бактериофагу клебсиелл пневмонии — 15 (65,2%) тестированных штаммов Kl. pneumoniae.

Полирезистентность данных штаммов Kl. pneumoniae была подтверждена обнаружением генетических детерминант устойчивости к противомикробным препаратам по результатам полногеномного секвенирования клебсиелл.

Изученные штаммы Kl. pneumoniae обладали генами антибиотикорезистентности, обеспечивающими им устойчивость к различным классам антимикробных препаратов, включая антисептик триклозан. Структура резистома включала генные детерминанты лекарственной устойчивости к аминогликозидам (StrB; StrA; Aac 3-IIa; Aph 3-Ia), фторхинолонам (QnrB1), макролидам (EreA2), сульфаниламидам (SulII), хлорамфениколу (CatB4; CatA1), тетрациклину (TetA) и триметоприму (DfrA14; DfrA5). Также обнаружены гены β-лактамаз широкого спектра, β-лактамаз широкого спектра с устойчивостью к ингибиторам β-лактамаз и β-лактамазы расширенного спектра (табл. 1).

По результатам полногеномного секвенирования гены устойчивости к β-лактамным антибиотикам выявлены у всех штаммов клебсиелл, в том числе обнаружены bla_OXA-1 (n = 6; 60%), bla_SHV-13 (n = 1; 10%), bla_SHV-26 (n = 2; 20%), bla_SHV-77 (n = 1; 10%), bla_SHV-187 (n = 1; 10%), bla_SHV-190 (n = 5; 50%), bla _TEM-30 (n = 7; 70%), bla_CTX-M-15 (n = 7; 70%). Все штаммы Kl. рneumoniae обладали генами эффлюксных насосов (AcrB, AcrAB), кодирующих множественную устойчивость микробов к нескольким семействам антибиотиков, включая тетрациклины, фторхинолоны, макролиды, тигециклин и β-лактамы, а также антисептик триклозан. Результаты скрининга на генные детерминанты устойчивости к колистину, фосфомицину, рифампицину и возможное производство карбапенемаз (в том числе у штаммов, устойчивых к имипенему) были отрицательными.

 Таблица 1. Результаты генотипирования клебсиелл на антибиотикорезистентность

Table 1. Results of Klebsiella genotyping for antibiotic resistance

Примечание: АМГ — аминогликозиды, ФХ — фторхинолоны, МАК — макролиды, ФЕН — фениколы, СА — сульфаниламиды, ТЦ — тетрациклины, ТП — сульфаметоксазол / триметоприм.

Note: АМГ — aminoglycoside, ФХ — fluoroquinolones, МАК — macrolides, ФЕН — phoenicols, СА — sulfonamides, ТЦ — tetracyclines, ТП — sulfamethoxazole / trimethoprim.

 Обсуждение

Как известно, Kl. pneumoniae является условно-патогенным микроорганизмом, который часто обладает и легко приобретает различные гены устойчивости к противомикробным препаратам [13]. Наряду с такими бактериями, как Acinetobacter baumanii, P. aeruginosa и Enterobacter spp., полирезистентные штаммы Kl. pneumoniae относятся к группе ESCAPE-патогенов, способных «уклоняться» от действия антибиотиков. Kl. pneumoniae имеет важнейшее клиническое и эпидемиологическое значение, поскольку вызывает 86% всех случаев клебсиеллезной инфекции (инфекции мочевых путей, нозокомиальных пневмоний, неонатальной септицемии и др.) [14]. Kl. pneumoniae является «классическим» возбудителем инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, и имеет тенденцию к распространению из одного стационара в другой, а также во внебольничные условия [2]. За последние два десятилетия было зарегистрировано значительное число внутрибольничных вспышек инфекций, вызванной Kl. pneumoniae, в том числе у новорожденных детей с высокими показателями летальности [15, 16]. Полирезистентность Kl. pneumoniae представляет собой растущую проблему во всем мире и ассоциируется с неблагоприятными исходами для пациентов, особенно в уязвимых группах, таких как новорожденные [17, 18].

Нами изучены антибиотикорезистентность и резистом кишечных штаммов Kl. pneumoniae, колонизирующих здоровых детей в родильных домах. По результатам исследований фенотипа штаммы Kl. pneumoniae в 92,3% случаев были продуцентами БЛРС и проявляли резистентность к ампициллину, амоксиклаву, ко-тримоксазолу, в меньшей степени к ципрофлоксацину и нитрофурантоину. 90% кишечных штаммов Kl. pneumoniae обладали множественной устойчивостью к антимикробным препаратам. Согласно результатам полногеномного исследования, у всех штаммов обнаружены гены бета-лактамаз, в том числе bla_OXA-1 обнаружены у 60%, bla_TEM-30 — у 70%, bla_CTX-M-15 — у 70%, bla_SHV — у 100% штаммов. Известно, что β-лактамазы обеспечивают устойчивость микробов к β-лактамным антибиотикам различных классов, включая пенициллины и цефалоспорины, кроме цефамицинов (цефокситин, цефотетан) и карбапенемов [19]. Согласно данным Huerta-Garcia et al., (2015) носительство Kl. pneumoniae БЛРС+ в кишечнике является фактором риска развития системной инфекции для пациентов интенсивной терапии новорожденных [20]. Наряду с генами устойчивости к β-лактамным антибиотикам кишечные штаммы Kl. pneumoniae часто обладали генами устойчивости к другим классам антибиотиков. Гены устойчивости к аминогликозидам обнаружены у 90%, фторхинолонам — у 40%, сульфаниламидам — у 80%, хлорамфениколу — у 70%, тетрациклину — у 50% и триметоприму — у 70% штаммов Kl. pneumoniae.

Таким образом, результаты исследования антибиотикорезистентности штаммов свидетельствуют о низкой эффективности использования цефалоспоринов третьего поколения и защищенных аминопенициллинов в случае возникновения нозокомиальной вспышки клебсиеллезной инфекции среди новорожденных детей. Для эмпирической терапии тяжелых форм клебсиеллезной инфекции у новорожденных детей рекомендуется применение меропенема. Для санации детей — носителей полирезистентных штаммов Kl. pneumoniae рекомендуется проведение курса фаготерапии в соответствии с чувствительностью циркулирующих штаммов клебсиелл.

Николаева И.В.

https://orcid.org/0000-0002-664 -302X

Шайхиева Г.С.

https://orcid.org/0000-0002-4389-4775

Григорьева Т.В.

https://orcid.org/0000-0001-5314-7012

Васильев И.Ю.

https://orcid.org/0000-0001-7799-1728

ЛИТЕРАТУРА

1. Hampton T. Novel Programs and Discoveries Aim to Combat Antibiotic Resistance // JAMA. — 2015. — Vol. 313 (24). — P. 2411–2413.
2. Borghesi A., Stronati M. Superbugs and antibiotics in the newborn // J Pediatr Neonat Individual Med. — 2015. — Vol. 4 (2). — Р. e040253.
3. Jacquot, Neveu D., Aujoulat F. et al. Dynamics and clinical evolution of bacterial gut microflora in extremely premature patients // J Pediatr. — 2011. — Vol. 158 (3). — Р. 390–396.
4. Глумчер Ф.С. Полирезистентная инфекция: актуальность, определение, механизмы, наиболее распространенные патогены, лечение, профилактика // Наука и практика. — 2014. — № 1 (2). — С. 129–149.
5. Endimiani A., Hujer K.M., Hujer A.M. et al. Evaluation of ceftazidime and NXL104 in two murine models of infection due to KPC-producing Klebsiella pneumoniae // Antimicrob. Agents Chemother. —— Vol. 55 (1). — P. 82–85.
6. Temkin, Fallach N., Almagor J. et al. Estimating the number of infections caused by antibiotic-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in 2014: a modelling study // Lancet Glob Health. — 2018. — Vol. 6 (9). — P. e969–e979.
7. Khaertynov K., Anokhin V., Davidyuk Y. et al. Case of Meningitis in a Neonate Caused by an Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Strain of Hypervirulent Klebsiella pneumonia // Front. Microbiol. — 2017. — Vol. 8 (1576). — Р. 1–6.
8. Haller S., Eller C., Hermes J. et al. What caused the outbreak of ESBL-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal intensive care unit, Germany 2009 to 2012? Reconstucting transmission with epidemiological analysis and whole-genome sequencing // BMJ. — 2015. — Vol. 5 (5). — P. e007397.
9. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads // EMBnet.journal. — —Vol. 17 (1). — P. 10–12.
10. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. — — Vol. 30 (15). — P. 2114–2120.
11. Bankevich A., Nurk,  Antipov D. et al. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing // J Comput. Biol. — 2012. — Vol. 19 (5). — P. 455–477.
12. LamM., Wick R.R.^​, Wyres K.L. et al. Genetic diversity, mobilisation and spread of the yersiniabactin-encoding mobile element ICEKpin Klebsiella pneumoniae populations // Microbial Genomics. — 2018. — Vol. 4 (9). — P. 1–14.
13. Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Чувствительность к антибиотикам штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном стационаре // Инфекция и иммунитет. — 2018. — Т. 8, № 1. — С. 79–84.
14. Broberg C.A., Palacios M., Miller V.L. Klebsiella: a long way to go towards understanding this enigmatic jet-setter // F1000 Prime Reports. — 2014. — Vol. 6 (64). — Р. 1–12.
15. Царегородцев А.Д., Хаертынов Х.С., Анохин В.А. и др. Клебсиеллезный неонатальный сепсис // Российский вестник перинатологии и педиатрии. — 2016. — № 4. — С. 49–54.
16. Moradigaravand D., Martin V., Peacock S. J. et al. Evolution and Epidemiology of Multidrug-Resistant Klebsiella pneumoniae in the United Kingdom and Ireland // — 2017. — Vol. 21 (8). — P. 1–11.
17. Hendrik T.C., Voor in ‘t holt A.F., Vos M.C. Clinical and Molecular Epidemiology of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Klebsiella spp.: A Systematic Review and MetaAnalyses // PLoS ONE. — 2015. — Vol. 10 (10). — P. e0140754.
18. Naas T., Cuzon G., Robinson A.L. et al. Neonatal infections with multidrug-resistant ESBL-producing E. cloacae and K. pneumoniae in neonatal units of two different hospitals in Antananarivo // Madagascar. BMC Infect. Dis. — 2016. — № 16. — Р. 275.
19. Страчунский Л.С. β-лактамазы расширенного спектра–быстро растущая и плохо осознаваемая угроза // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. — 2005. — Т. 7, № 1. — С. 92–96.
20. Huerta-García GC., Miranda-Novales G., Díaz-Ramos R. et al. Intestinal colonization by extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacteriaceae in infants. — 2015. — № 67. — Р. 313–320.

REFERENCES

1. Hampton T. Novel Programs and Discoveries Aim to Combat Antibiotic Resistance. JAMA, 2015, vol. 313 (24), pp. 2411–2413.
2. Borghesi A., Stronati M. Superbugs and antibiotics in the newborn. J Pediatr Neonat Individual Med, 2015, vol. 4 (2), r. e040253.
3. Jacquot A., Neveu D., Aujoulat F. et al. Dynamics and clinical evolution of bacterial gut microflora in extremely premature patients. J Pediatr, 2011, vol. 158 (3), rr. 390–396.
4. Glumcher F.S. Multidrug-resistant infection: relevance, definition, mechanisms, most common pathogens, treatment, prevention. Nauka i praktika, 2014, no. 1 (2), pp. 129–149 (in Russ.).
5. Endimiani A., Hujer K.M., Hujer A.M. et al. Evaluation of ceftazidime and NXL104 in two murine models of infection due to KPC-producing Klebsiella pneumoniae. Antimicrob. Agents Chemother, 2011, vol. 55 (1), pp. 82–85.
6. Temkin E., Fallach N., Almagor J. et al. Estimating the number of infections caused by antibiotic-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in 2014: a modelling study. Lancet Glob Health, 2018, vol. 6 (9), pp. e969–e979.
7. Khaertynov K., Anokhin V., Davidyuk Y. et al. Case of Meningitis in a Neonate Caused by an Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Strain of Hypervirulent Klebsiella pneumonia. Front. Microbiol, 2017, vol. 8 (1576), rr. 1–6.
8. Haller S., Eller C., Hermes J. et al. What caused the outbreak of ESBL-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal intensive care unit, Germany 2009 to 2012? Reconstucting transmission with epidemiological analysis and whole-genome sequencing. BMJ, 2015, vol. 5 (5), p. e007397.
9. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet.journal, 2011,vol. 17 (1), pp. 10–12.
10. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics, 2014, vol. 30 (15), pp. 2114–2120.
11. Bankevich A., Nurk S., Antipov D. et al. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing. J Comput. Biol, 2012, Vol. 19 (5), pp. 455–477.
12. Lam M.M., Wick R.R.​, Wyres K.L. et al. Genetic diversity, mobilisation and spread of the yersiniabactin-encoding mobile element ICEKp in Klebsiella pneumoniae populations. Microbial Genomics, 2018, vol. 4 (9), pp. 1–14.
13. Kozlova N.S., Barantsevich N.E., Barantsevich E.P. Antibiotic sensitivity of Klebsiella pneumoniae strains isolated in a multidisciplinary hospital. Infektsiya i immunitet, 2018, vol. 8, no. 1, pp. 79–84 (in Russ.).
14. Broberg C.A., Palacios M., Miller V.L. Klebsiella: a long way to go towards understanding this enigmatic jet-setter. F1000 Prime Reports, 2014, vol. 6 (64), rr. 1–12.
15. Tsaregorodtsev A.D., Khaertynov Kh.S., Anokhin V.A. et al. Klebsiella neonatal sepsis. Rossiyskiy vestnik perinatologii i pediatrii, 2016, no. 4, pp. 49–54 (in Russ.).
16. Moradigaravand D., Martin V., Peacock S. J. et al. Evolution and Epidemiology of Multidrug-Resistant Klebsiella pneumoniae in the United Kingdom and Ireland. MBio, 2017, vol. 21 (8), pp. 1–11.
17. Hendrik T.C., Voor in ‘t holt A.F., Vos M.C. Clinical and Molecular Epidemiology of Extended-Spectrum Beta-Lactamase-Producing Klebsiella spp.: A Systematic Review and MetaAnalyses. PLoS ONE, 2015, vol. 10 (10), pp e0140754.
18. Naas T., Cuzon G., Robinson A.L. et al. Neonatal infections with multidrug-resistant ESBL-producing E. cloacae and K. pneumoniae in neonatal units of two different hospitals in Antananarivo. Madagascar. BMC Infect. Dis, 2016, no. 16, r. 275.
19. Strachunskiy L.S. Extended-spectrum β-lactamase is a rapidly growing and poorly understood threat. Klin. mikrobiol. antimikrob. khimioter, 2005, vol. 7, no. 1, pp. 92–96 (in Russ.).
20. Huerta-García GC., Miranda-Novales G., Díaz-Ramos R. et al. Intestinal colonization by extended-spectrum beta-lactamase-producing enterobacteriaceae in infants, 2015, no. 67, rr. 313–320.